Разработки СО РАН - каталог БД

На данной странице представлен каталог баз данных, включенных в Фонд алгоритмов и программ Сибирского отделения РАН. Полный каталог программ и БД, включенных в Фонд, а также любые выборки по научным центрам, объединенным ученым советам и др. вы можете найти на данной странице.

2011-11-29
Сайты связывания транскрипционных факторов (ТФСАЙТ)/ Transcription factor sites database (TFSITE)

База данных "Сайты связывания транскрипционных факторов (ТФСАЙТ)"  предназначена для накопления экспериментальных данных о сайтах связывания транскрипционных факторов в регуляторных районах генов эукариот.
В базу данных вносится следующая информация:
нуклеотидная последовательность сайта и его ближайшего окружения (20-40 н.п.),
позиции сайта относительно старта транскрипции,
область связывания с белком,
факторы, связывающиеся с этим сайтом,
влияние, которое оказывает связывание фактора на уровень транскрипции гена,
эксперименты, проведенные исследователями для доказательства связывания белка с последовательностью и функциональности сайта,
ссылки на базы данных и т.д.
Область применения - информационная биология, молекулярная генетика, медицина, фармакология.
2011-11-28
Регуляция транскрипции генов эндокринной системы (РТЭС); Endocrine System Transcription Regulatory Regions Database (ES-TRRD)

http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/papers/ignatieva/es-trrd/

База данных " Регуляция транскрипции генов эндокринной системы" содержит информацию:
i) о структурно-функциональной организации регуляторных районов, контролирующих транскрипцию генов эндокринной системы позвоночных (промоторах, энхансерах, сайленсерах, стартах транскрипции, сайтах связывания транскрипционных факторов);
ii) об особенностях экспрессии генов в зависимости от этапа индивидуального развития, типа клеток, влияния индукторов и т.д;
iii) о транскрипционных факторах, участвующих в регуляции.
Информация в базу данных РТЭС внесена на основе анализа научных публикаций, описывающих результаты экспериментальных исследований. Информация представлена в формате, позволяющем производить быстрый поиск и анализ данных.
База данных РТЭС является источником информации, на основе которой возможно построение моделей регуляторных районов генов, а также реконструкция генных сетей.
Назначение – исследование механизмов регуляции эндокринных функций позвоночных на уровне транскрипции.
Область применения - информационная биология, молекулярная генетика, физиология, медицина, фармакология.
2011-11-28
Регуляция транскрипции генов, экспрессируемых в эндокринной части поджелудочной железы (РТЭП); Endocrine Pancreas Transcription Regulatory Regions Database (EP-TRRD)

http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/papers/ignatieva/ep-trrd/
База данных " Регуляция транскрипции генов, экспрессируемых в эндокринной части поджелудочной железы " содержит информацию:
i) о структурно-функциональной организации регуляторных районов, контролирующих транскрипцию генов эндокринной части поджелудочной железы позвоночных (промоторах, энхансерах, сайленсерах, стартах транскрипции, сайтах связывания транскрипционных факторов);
ii) об особенностях экспрессии генов в зависимости от этапа индивидуального развития, типа клеток, влияния индукторов и т.д;
iii) о транскрипционных факторах, участвующих в регуляции.
Информация в базу данных РТЭП внесена  на основе анализа научных публикаций, описывающих результаты экспериментальных исследований. Информация представлена в формате, позволяющем производить быстрый поиск и анализ данных.
База данных РТЭП является источником информации, на основе которой возможно построение моделей регуляторных районов генов, а также реконструкция генных сетей.
Назначение – исследование механизмов регуляции углеводного метаболизма позвоночных на уровне транскрипции.
Область применения - информационная биология, молекулярная генетика, физиология, медицина, фармакология.
2011-11-28
Регуляция транскрипции генов липидного метаболизма (РТЛМ); Lipid Metabolism Transcription Regulatory Regions Database (LM-TRRD)

http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/papers/ignatieva/lm-trrd/
База данных " Регуляция транскрипции генов липидного метаболизма " содержит информацию:
i) о структурно-функциональной организации регуляторных районов, контролирующих транскрипцию генов липидного метаболизма эукариот (промоторах, энхансерах, сайленсерах, стартах транскрипции, сайтах связывания транскрипционных факторов);
ii) об особенностях экспрессии генов липидного метаболизма в зависимости от этапа индивидуального развития, типа клеток, ткани, влияния индукторов и т.д;
iii) о транскрипционных факторах, участвующих в регуляции.
Информация в базу данных РТЛМ внесена  на основе анализа научных публикаций, описывающих результаты экспериментальных исследований. Информация представлена в формате, позволяющем производить быстрый поиск и анализ данных.
База данных РТЛМ является источником информации, на основе которой возможно построение моделей регуляторных районов генов, а также реконструкция генных сетей.
Назначение - исследование механизмов регуляции липидного метаболизма эукариот на уровне транскрипции.
Область применения - информационная биология, молекулярная генетика, физиология, медицина, фармакология.
2011-11-28
Транскрипционные регуляторные единицы генов эукариот (Эу_TРЕГ) / Eukaryotic Transcription Regulatory Gene Regions (EuTRGR)

База данных "Транскрипционные регуляторные единицы генов эукариот (Эу_TРЕГ)"  предназначена для накопления экспериментальных данных о функциональных характеристиках и структуре транскрипционных регуляторных единиц генов эукариот.
Эу_TРЕГ предоставляет пользователю сведения о том, какие транскрипционные регуляторные единицы гена обеспечивают его экспрессию в конкретной ткани и клетке.
Описание функциональных и структурных характеристик регуляторных единиц генов эукариот, представленное в базе Эу_TРЕГ, является основой для решения актуальных задач биоинформатики. Представляет интерес для исследователей, занимающихся распознаванием сайтов связывания транскрипционных факторов; анализом закономерностей структурно-функциональной организации районов регуляции транскрипции генов эукариот; изучением механизмов транскрипции; реконструкцией генных сетей; интерпретацией данных microarray, подбором промоторов и энхансеров с заданными свойствами с целью создания трансгенных организмов и геносенсоров  и т.д.
Область применения - информационная биология, молекулярная генетика, медицина, фармакология.