UGENE

Описание: 

UGENE это свободное ПО для работы молекулярного биолога. Пакет является кроссплатформенным, локализован на русский язык.

Основные вычислительные возможности:

  • Множественное выравнивание последовательностей на основе MUSCLE 3 и MUSCLE 4;
  • Анализ с помощью скрытых марковских моделей, основанный на HMMER 2 и HMMER 3;
  • Дизайн ПЦР-праймеров с помощью Primer 3;
  • Предсказание вторичной структуры белков с помощью GOR IV и PSIPRED;
  • Поиск сайтов рестрикции;
  • Сверхбыстрый поиск повторов;
  • Анализ сайтов связывания транскрипционных факторов на основе SITECON;
  • Поиск открытых рамок считывания;
  • Выравнивание последовательностей с помощью алгоритма Смита-Ватермана.

Пользовательский интерфейс:

  • Визуализация хроматограмм;
  • Просмотр трехмерных моделей PDB и MMDB;
  • Редактор множественного выравнивания;
  • Конструктор вычислительных схем автоматизирующий процесс анализа;
  • Поддержка сохранения изображений в векторные форматы для удобства публикации.