R-COFFEE

Самый точный на 2008-2009гг алгоритм множественного выравнивания некодирующих РНК, основанный на предсказании вторичной структуры РНК. Наибольшая точность выравнивания оцененная на основе базы данных BRAliBase, содержащей множественные выравнивания РНК сделанные вручную, достигается при комбинировании R-COFFEE с Consan. Wilm A, Higgins DG, Notredame C. R-Coffee: a method for multiple alignment of non-coding RNA. Nucleic Acids Res. 2008 36:e52.