Новости

База данных " Регуляция транскрипции генов эндокринной системы" содержит информацию:
i) о структурно-функциональной организации регуляторных районов, контролирующих транскрипцию генов эндокринной системы позвоночных (промоторах, энхансерах, сайленсерах, стартах транскрипции, сайтах связывания транскрипционных факторов);
ii) об особенностях экспрессии генов в зависимости от этапа индивидуального развития, типа клеток, влияния индукторов и т.д;
iii) о транскрипционных факторах, участвующих в регуляции.
Информация в базу данных РТЭС внесена на основе анализа научных публикаций, описывающих результаты экспериментальных исследований. Информация представлена в формате, позволяющем производить быстрый поиск и анализ данных.
База данных РТЭС является источником информации, на основе которой возможно построение моделей регуляторных районов генов, а также реконструкция генных сетей.
Назначение – исследование механизмов регуляции эндокринных функций позвоночных на уровне транскрипции.
Область применения - информационная биология, молекулярная генетика, физиология, медицина, фармакология.

2011-11-28

Транскрипционные регуляторные единицы генов эукариот (Эу_TРЕГ) / Eukaryotic Transcription Regulatory Gene Regions (EuTRGR)

База данных "Транскрипционные регуляторные единицы генов эукариот (Эу_TРЕГ)" предназначена для накопления экспериментальных данных о функциональных характеристиках и структуре транскрипционных регуляторных единиц генов эукариот.
Эу_TРЕГ предоставляет пользователю сведения о том, какие транскрипционные регуляторные единицы гена обеспечивают его экспрессию в конкретной ткани и клетке.
Описание функциональных и структурных характеристик регуляторных единиц генов эукариот, представленное в базе Эу_TРЕГ, является основой для решения актуальных задач биоинформатики. Представляет интерес для исследователей, занимающихся распознаванием сайтов связывания транскрипционных факторов; анализом закономерностей структурно-функциональной организации районов регуляции транскрипции генов эукариот; изучением механизмов транскрипции; реконструкцией генных сетей; интерпретацией данных microarray, подбором промоторов и энхансеров с заданными свойствами с целью создания трансгенных организмов и геносенсоров и т.д.
Область применения - информационная биология, молекулярная генетика, медицина, фармакология.

2011-11-28

База данных для анализа взаимосвязей генотип-фенотип-окружающая среда у пшеницы / WheatPGE - Database for analysis of relationships between genotype-phenotype-environment in wheat/ВитПГЕ

База данных «WheatPGE» («ВитПГЕ») хранит в себе отношения, описывающие различные характеристики растения, его генотип, фенотип и некоторые факторы внешней среды. База данных позволяет однозначно устанавливать взаимосвязь между генетическими и фенотипическими признаками растений и параметрами окружающей среды.
Текущая версия базы данных содержит около 300 аннотированных растений, более 90 описанных генотипов и более 1300 изображений морфологических признаков пшеницы.
Разработанная система позволяет ускорить работу селекционера-биолога, дает возможность в автоматическом режиме устанавливать взаимосвязи между фенотипом, генотипом и окружающей средой у пшеницы. С помощью системы «WheatPGE» эксперт может за считанные минуты анализировать сотни растений.

Область применения: База данных «WheatPGE» предназначена для интеграции разнородных данных о растении.

База данных досупа по адресу: http://wheatdb.org/

2011-11-27

Программа визуализации и компиляции математических моделей генных сетей (МГСмодели) / Software tool for gene networks mathematical models view and compile (MGSmodelsDB)

Разработанная программа является WEB клиентом базы данных математических моделей элементарных подсистем генных сетей и предназначена для просмотра содержимого базы в структурированном графическом виде с возможностью поиска по синонимам имен реагентов и идентификаторам в базе.
Возможности:
отображение математических формул в структурированном виде,
выбор нескольких моделей элементарных подсистем с последующей их интеграцией в одну комплексную модель,
отображение генной сети из выбранных моделей.
Позволяет экспортировать полученную математическую модель в среды моделирования, поддерживающие форматы «SiBML» и «SBML» и программные пакеты «Step+» , «Pajek» и «Mathematica».

Cистема доступна по адресу:
modelsgroup.bionet.nsc.ru/MGSmodelsDB/

Инструментальные средства создания - Java, EJB, Vaadin

2011-11-25

Библиотека генераторов псевдослучайных чисел libRNGnet

Назначение - Предлагаемая библиотека шаблонов классов содержит генераторы псевдослучайных чисел некоторых специальных распределений. Область применения - Имитационное моделирование мультисервисных сетей, оценка отказоустойчивости
Используемый алгоритм - Алгоритмы генерации ПСЧ основаны на методе обратной функции и методе отбраковки. В примере (файл example.cpp) в качестве базового генератора использовался Вихрь Мерсенна (Mersenne twister) mt19937 из стандартной библиотеки <random>, которая входит в пакет Visual C++ 2008 Feature Pack Release (интерфейс позволяет подключить любой базовый генератор из этой или другой библиотеки).
Функциональные возможности - Интерфейс прикладного программирования (API) соответствует рекомендациям комитета по стандартизации C++ (документ TR1, С++ Standards Committee Technical Report 1), функциональность некоторых шаблонов классов несколько расширена.
Библиотека содержит генераторы распределений: Парето, Вейбулла, экспоненциальное (со сдвигом, усеченное), распределения времени хранения SYN пакета. Более подробная информация содержится в файле readme.rtf.
Инструментальные средства создания - С++
Разработка библиотеки проводилась в рамках проекта, поддержанного Российским фондом фундаментальных исследований (код проекта 11-07-00183)