MUMMER
Описание:
MUMmer это система для быстрого выравнивания больших геномных последовательностей.
Например, MUMmer 3.0 может найти все повторы длиной 20 или больше в геноме размером 5Мб за несколько секунд используя при этом порядка 80Мб оперативной памятию. MUMmer может также использоваться для сборки геномов из фрагментов.