HMMER

HMMER это реализация метода поиска в базах биологических последовательностей с использованием в качестве запроса к базе профиля множественном выравнивания. В основе алгоритмов построения и поиска пакета HMMER лежит теория скрытых марковских моделей, имитирующих работу процесса, похожего на марковский процесс с неизвестными параметрами, и задачей ставится разгадывание неизвестных параметров на основе наблюдаемых.

Пакет HMMER содержит набор консольных программ для построения статистических HMM профилей и поиска в биологических последовательностях при помощи уже готовых HMM профилей.