BLAST2

Описание: 

BLAST2  - семейство компьютерных программ, служащих для поиска гомологов белков или нуклеиновых кислот, для которых известна первичная структура (последовательность) или её фрагмент. Используя BLAST, исследователь может сравнить имеющуюся у него последовательность с последовательностями из базы данных и найти последовательности предполагаемых гомологов. Является важнейшим инструментом для молекулярных биологов, биоинформатиков, систематиков. Семейство программ серии BLAST делится на 5 основных групп:

  1. Нуклеотидные - предназначены для сравнения изучаемой нуклеотидной последовательности с базой данных секвенированных нуклеиновых кислот и их участков:
    • megablast - быстрое сравнение с целью поиска высоко сходных последовательностей,
    • dmegablast - быстрое сравнение с целью поиска дивергировавших последовательностей, обладающих незначительным сходством,
    • blastn - медленное сравнение с целью поиска всех сходных последовательностей и др.
  2. Белковые - предназначены для сравнения изучаемой аминокислотной последовательности белка с имеющейся базой данных белков и их участков.
    • blastp - медленное сравнение с целью поиска всех сходных последовательностей,
    • cdart - сравнение с целью поиска гомологичных белков по доменной архитектуре,
    • rpsblast - сравнение с базой данных консервативных доменов,
    • psi-blast - сравнение с целью поиска последовательностей, обладающих незначительным сходством,
    • phi-blast - поиск белков, содержащих определенный пользователем паттерн и др.
  3. Транслирующие - способны транслировать нуклеотидные последовательности в аминокислотные:
    • blastx - переводит изучаемую нуклеотидную последовательность в кодируемые аминокислоты, а затем сравнивает ее с имеющейся базой данных аминокислотных последовательностей белков,
    • tblastn - изучаемая аминокислотная последовательность сравнивается с транслированными последовательностями базы данных секвенированных нуклеиновых кислот,
    • tblastx - переводит изучаемую нуклеотидную последовательность в аминокислотную, а затем сравнивает ее с транслированными последовательностями базы данных секвенированных нуклеиновых кислот.
  4. Геномные - предназначены для сравнения изучаемой нуклеотидной последовательности с базой данных секвенированного генома какого-либо организма (человека, мыши и др.)
  5. Специальные - прикладные программы, использующие BLAST:
    • bl2seq - сопоставление двух последовательностей по принципу локальных выравниваний, VecScreen - определение сегментов нуклеотидной последовательности нуклеиновой кислоты, которые могут иметь векторное происхождение и др.