UGENE

UGENE это свободное ПО для работы молекулярного биолога. Пакет является кроссплатформенным, локализован на русский язык.

Основные вычислительные возможности:

• Множественное выравнивание последовательностей на основе MUSCLE 3 и MUSCLE 4;
• Анализ с помощью скрытых марковских моделей, основанный на HMMER 2 и HMMER 3;
• Дизайн ПЦР-праймеров с помощью Primer 3;
• Предсказание вторичной структуры белков с помощью GOR IV и PSIPRED;
• Поиск сайтов рестрикции;
• Сверхбыстрый поиск повторов;
• Анализ сайтов связывания транскрипционных факторов на основе SITECON;
• Поиск открытых рамок считывания;
• Выравнивание последовательностей с помощью алгоритма Смита-Ватермана.

Пользовательский интерфейс:

• Визуализация хроматограмм;
• Просмотр трехмерных моделей PDB и MMDB;
• Редактор множественного выравнивания;
• Конструктор вычислительных схем автоматизирующий процесс анализа;
• Поддержка сохранения изображений в векторные форматы для удобства публикации.