Promals3D

Лучший на 2008-2009гг. алгоритм множественного выравнивания последовательностей белков. При выравнивании используются данные о третичной и вторичной структуре белков. Тестирование работы алгоритма осуществлялась на базе данных PREFAB. База данных PREFAB содержит множественные выравнивания белков, сделанные на основе структурных выравниваний трехмерных структур белков без учета данных о идентичности их первичных последовательностей. Pei J, Kim BH, Grishin NV. PROMALS3D: a tool for multiple protein sequence and structure alignments. Nucleic Acids Res. 2008 36:2295-2300.