MAFFT

Лучший на 2005-2006гг. алгоритм множественного выравнивания последовательностей. Для ускорения процедуры множественного выравнивания используется алгоритм быстрого Фурье-преобразования идентифицирующий гомологичные участки последовательностей. Используются алгоритмы итеративного улучшения выравнивания, парного выравнивания, прогрессивного выравнивание на основе улучшенного дерева. Katoh K, Toh H. Recent developments in the MAFFT multiple sequence alignment program. Brief Bioinform. 2008 9:286-298.