Kalign
Описание:
Самый быстрый на 2008-2009гг алгоритм множественного выравнивания, основанный подходе сравнения аппроксимированных (частично несходных) строк и прогрессивном выравнивании. Lassmann T, Sonnhammer EL.Kalign--an accurate and fast multiple sequence alignment algorithm. BMC Bioinformatics. 2005 6:298.