Consan
Описание:
Один из лучших алгоритмов реализующих метод одновременного восстановления структуры РНК и её выравнивания с РНК-гомологами. Dowell RD, Eddy SR. Efficient pairwise RNA structure prediction and alignment using sequence alignment constraints. BMC Bioinformatics. 2006 7:400.