Mauve

Один из лучших на 2008-2009гг. алгоритм множественного выравнивания протяженных геномных последовательностей. Алгоритм включает в себя поиск локальных надежно выравниваемых районов, реконструкцию по ним филогении, выделение подмножества локальных выравниваний в качестве якорей – коллинеарных групп, проведение рекурсивного расширения выравниваний от якорных коллинеарных групп. Darling AC, Mau B, Blattner FR, Perna NT. Mauve: multiple alignment of conserved genomic sequence with rearrangements. Genome Res. 2004 14:1394-1403.