PhyML

PhyML - это набор различных алгоритмов (модификаций базового алгоритма) филогенетического анализа генов и белков (множество моделей) с помощью метода максимального правдоподобия. PhyML - это лучший на 2009г. базовый алгоритм филогенетического анализа с помощью метода максимального правдоподобия который заключается в оптимизации параметров с использованием числового метода “золотое сечение” и многократном улучшении дерева (изменении ветвления). Guindon S, Gascuel O. A simple, fast, and accurate algorithm to estimate large phylogenies by maximum likelihood. Syst Biol. 2003. 52:696-704. Anisimova M., Gascuel O. Approximate Likelihood-Ratio Test for Branches: A Fast, Accurate, and Powerful Alternative. Syst Biol. 2006. 55:539-552. Hordijk W, Gascuel O. Improving the efficiency of SPR moves in phylogenetic tree search methods based on maximum likelihood. Bioinformatics 2005. 21:4338-4347. Quang LS, Gascuel O, Lartillot N. Empirical profile mixture models for phylogenetic reconstruction. Bioinformatics 2008. 24:2317-2323. Quang LS, Lartillot N, Gascuel O. Phylogenetic Mixture Models for Proteins. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 2008. 363:3965-3976. Boussau B, Gouy M. Efficient likelihood computations with nonreversible models of evolution. Syst Biol. 2006 55:756-768. Bevan RB, Lang BF, Bryant D. Calculating the evolutionary rates of different genes: a fast, accurate estimator with applications to maximum likelihood phylogenetic analysis. Syst Biol. 2005 54:900-915.