MrBayes

MrBayes – это набор алгоритмов филогенетического анализа и реконструкции предковых последовательностей с помощью байесовского метода. Единственный в мире качественно распараллеленный алгоритм филогенетического анализа с помощью байесовского метода. MrBayes специально создан для анализа разнородных данных, в анализ могут быть включены качественные и молекулярные (количественные) данные, аминокислотные и нуклеотидные последовательности (множество моделей), митохондриальные и ядерные гены одновременно. Поиск оптимального решения идет с помощью связанных марковских цепей Монте Карло. Huelsenbeck JP, Ronquist F. MRBAYES: Bayesian inference of phylogenetic trees. Bioinformatics. 2001 17:754-755. Ronquist F, Huelsenbeck JP. MrBayes 3: Bayesian phylogenetic inference under mixed models. Bioinformatics. 2003 19:1572-1574. Altekar G, Dwarkadas S, Huelsenbeck JP, Ronquist F. Parallel Metropolis coupled Markov chain Monte Carlo for Bayesian phylogenetic inference. Bioinformatics. 2004 20:407-415.