Матрицы функциональных сайтов связывания транскрипционных факторов про- и эукариот (RealSite)

Тип разработки: 
База данных
Регистрационный номер в ФАП: 
DB10008
Дата регистрации в ФАП: 
2010-04-19
Тематическая направленность: 
молекулярная биология, биоинформатика
Заявитель: 
Институт цитологии и генетики СО РАН
Разработчики программы (базы данных): 
Хлебодарова Тамара Михайловна
Степаненко Ирина Лембитовна
Игнатьева Елена Васильевна
Ананько Елена Анатольевна
Подколодная Ольга Александровна
Аннотация: 

База данных RealSite предназначена для накопления информации по структуре функциональных сайтов связывания транскрипционных факторов (ССТФ) у про- и эукариот. База основана на описании структуры ССТФ с помощью частотных матриц, которые построены в результате выравнивания представительных выборок нуклеотидных последовательностей ССТФ. В базе данных RealSite выборки ССТФ созданы на основе только тех последовательностей ДНК, функциональность которых в структуре промотора подтверждена экспериментально. База RealSite служит основой для решения ряда актуальных задач биоинформатики и представляет интерес для исследователей, занимающихся распознаванием сайтов связывания ТФ, изучением механизмов транскрипции и реконструкцией генных сетей.
СУБД: Sequence Retrieval System (SRS)

Использованные при разработке материалы: 
Использовались материалы баз TRRD (Авт. свид. РФ №980064), ProkaTEX (Авт. свид. РФ № 2006620257) и GenSensor (Авт. свид. РФ №200660197), правообладателем которых является Институт цитологии и генетики СО РАН.
Регистрационный номер в Роспатенте: 
№2009620500
Признак доступности программы (базы данных): 
доступ по запросу
Требования к аппаратным и программным средствам: 

Тип реализующей ЭВМ: IBM PC Pentium – Pentium IV, архитектура i386
Операционная система: UNIX, Linux
Формат: text MS-DOS, flat-file

Контактная информация: 
tamara@bionet.nsc.ru