http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/papers/ignatieva/lm-trrd/
База данных " Регуляция транскрипции генов липидного метаболизма " содержит информацию:
i) о структурно-функциональной организации регуляторных районов, контролирующих транскрипцию генов липидного метаболизма эукариот (промоторах, энхансерах, сайленсерах, стартах транскрипции, сайтах связывания транскрипционных факторов);
ii) об особенностях экспрессии генов липидного метаболизма в зависимости от этапа индивидуального развития, типа клеток, ткани, влияния индукторов и т.д;
iii) о транскрипционных факторах, участвующих в регуляции.
Информация в базу данных РТЛМ внесена  на основе анализа научных публикаций, описывающих результаты экспериментальных исследований. Информация представлена в формате, позволяющем производить быстрый поиск и анализ данных.
База данных РТЛМ является источником информации, на основе которой возможно построение моделей регуляторных районов генов, а также реконструкция генных сетей.
Назначение - исследование механизмов регуляции липидного метаболизма эукариот на уровне транскрипции.
Область применения - информационная биология, молекулярная генетика, физиология, медицина, фармакология.

Назначение - программа для распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов
Область применения - биология и медицина
Используемый алгоритм -  разработка автора, алгоритм SITECON.
Алгоритм опубликован в статье Oshchepkov D.Y., Vityaev E.E., Grigorovich D.A., Ignatieva E.V., Khlebodarova T.M. SITECON: a tool for detecting conservative conformational and physicochemical properties in transcription factor binding site alignments and for site recognition. Nucleic Acids Res. 2004 Jul 1;32(Web Server issue):W208-12.
Функциональные возможности - выявление консервативных конформационных и физико-химических свойств для выборок сайтов связывания транскрипционных факторов; распознавание новых потенциальных сайтов связывания транскрипционных факторов на основе сравнения значения выявленных консервативных свойств со свойствами анализируемой последовательности.
Инструментальные средства создания - С++

Интернет версия доступна по адресу http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/programs/sitecon/

База данных "Интерферон-индуцируемые гены" содержит информацию об организации регуляторных районов и особенностях экспрессии генов эукариот, транскрипция которых усиливается под действием интерферонов I и II типа.
В базе данных собрана экспериментальная информация о механизмах активации генов и о транскрипционных факторах, участвующих в процессе активации, особенностях экспрессии генов в зависимости от типа клеток, ткани, влияния индукторов и т.д. Имеется информация о протяженных регуляторных районах (промоторах, энхансерах, сайленсерах), стартах транскрипции, сайтах связывания транскрипционных факторов, белках, влияющих на уровень транскрипции гена и т.д.
Назначение - изучение молекулярных механизмов активации интерфероновой системы.
Область применения - информационная биология, молекулярная генетика, медицина, фармакология.

База данных доступна по адресу:
http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/papers/ananko/iig-trrd/
 

База данных "Сайты связывания транскрипционных факторов (ТФСАЙТ)"  предназначена для накопления экспериментальных данных о сайтах связывания транскрипционных факторов в регуляторных районах генов эукариот.
В базу данных вносится следующая информация:
нуклеотидная последовательность сайта и его ближайшего окружения (20-40 н.п.),
позиции сайта относительно старта транскрипции,
область связывания с белком,
факторы, связывающиеся с этим сайтом,
влияние, которое оказывает связывание фактора на уровень транскрипции гена,
эксперименты, проведенные исследователями для доказательства связывания белка с последовательностью и функциональности сайта,
ссылки на базы данных и т.д.
Область применения - информационная биология, молекулярная генетика, медицина, фармакология.

Назначение:
Моделирование функционирования локальной вычислительной сети, атак типа SYN FLOOD и методов защиты 

Область применения:
Исследование DDoS атак типа "SYN FLOOD" с различными алгоритмами проведения, топологиями сетей и масшатабами атак. А также методов защиты от них.

Используемый алгоритм:
Для разработки использовался мультиагентный подход, позволящий описывать поведение отдельных частей модели, без полного описания функционирования всей системы. Для программы были созданы модели функционирования типовых пользовательских ЭВМ, WEB серверов по раздаче HTTP контента, атакующих узлов и средств защиты. Описывая правила взаимодействия между частями модели, мультиагентный подход позволяет создавать самоорганизующиеся системы. Таким образом, запуская группы агентов в модель, можно наблюдать различные алгоритмы протекания атаки "SYN FLOOD" (http://www.cert.org/advisories/CA-1996-21.html) и эффективность средст защиты (Шахов В.В., Родионов А.С. Анализ средств противодействия одному виду атак типа “отказ в обслуживании” // Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, том 6, вып. 2. – С. 80-88.)

Функциональные возможности:
На входе в программу подается конфигурационный файл модели: количество агентов каждого типа и их входные характеристики, на выходе -  данные о трафике, циркулирующем внутри модели. При запуске создаются агенты, имитирующие поведение пользовательских компьютеров, HTTP серверов и атакующих средств. Сначала агенты выстраивают топологию локальной вычислительной сети, а затем моделируют её работу. Есть специальный агент, инициирующий SYN FLOOD атаку. Он выбирает "жертву" - HTTP сервер, и активирует все компьютеры-"зомби" , указывая им цель. Далее моделируется поведение сети с происходящей в ней атакой типа SYN Flood.

Инструментальные средства создания
Модель создана на основе платформы мультиагентного программирования JADE, написана на языке программирования JAVA.
Модель - это набор  JADE агентов, и для ее функционирования необходима сама платформа JADE.

Разработано при финансовой поддержке Российского фонда фундаментальных исследований (код проекта 11-07-00183)

Разработанная программа является WEB клиентом базы данных математических моделей элементарных подсистем генных сетей и предназначена для просмотра содержимого базы в структурированном графическом виде с возможностью поиска по синонимам имен реагентов и идентификаторам в базе.
Возможности:
отображение математических формул в структурированном виде,
выбор нескольких моделей элементарных подсистем с последующей их интеграцией в одну комплексную модель,
отображение генной сети из выбранных моделей.
Позволяет экспортировать полученную математическую модель в среды моделирования, поддерживающие форматы «SiBML» и «SBML» и программные пакеты «Step+» , «Pajek» и «Mathematica».

Cистема доступна по адресу:
modelsgroup.bionet.nsc.ru/MGSmodelsDB/ 

Инструментальные средства создания - Java, EJB, Vaadin

База данных "Генные сети интерфероновой системы" содержит информацию о путях передачи сигналов в клетке и генах млекопитающих, экспрессия которых усиливается под действием интерферонов I и II типа.
В базе данных также собрана экспериментальная информация о механизмах активации генов и о транскрипционных факторах, участвующих в процессе активации.
Назначение - Построение системной картины действия интерферонов на молекулярном уровне у млекопитающих.
Область применения - системная биология, молекулярная генетика, медицина, фармакология

Назначение - Демонстрация алгоритма оценки отказоустойчивости сетевого узла в условиях атаки типа SYN Flooding.
Область применения - Исследование отказоустойчивости мультисервисных сетей
Используемый алгоритм - Алгоритм оценки основан на некоторых результатах из следующих статей:

• В.В. Шахов. Некоторые задачи оптимизации качества обслуживания в мультисервисных сетях // Труды  XV Байкальской международной школы-семинара «Методы оптимизации и их приложения», Иркутск, 2011, С. 151-155.
• В.В. Шахов. О моделировании механизмов противодействия DDoS атакам // Труды всероссийской конференции «Математическое моделирование и вычислительно-информационные технологии в междисциплинарных научных исследованиях», Иркутск, 2011, С. 130.
• Vladimir Shakhov and Hyunseung Choo. An Efficient Method for Proportional Differentiated Admission Control Implementation // EURASIP Journal on Wireless Communications and Networking, vol. 2011, Article ID 738386, 5 pages, 2011.
• Vladimir Shakhov. An Efficient Method for Proportional Differentiated Admission Control Implementation // Springer LNCS, 2010, Vol. 6235, P. 91-97. 

Функциональные возможности - По заданным параметрам сетевого трафика проводится оценка отказоустойчивости сетевого узла. Назначение параметров указанно в комментариях в исходном коде.
Инструментальные средства создания - VC++

 Алгоритм разработан в рамках проекта, поддержанного Российским фондом фундаментальных исследований (код проекта 11-07-00183).

Назначение - Предлагаемая библиотека шаблонов классов содержит генераторы псевдослучайных чисел некоторых специальных распределений. Область применения - Имитационное моделирование мультисервисных сетей, оценка отказоустойчивости
Используемый алгоритм - Алгоритмы генерации  ПСЧ основаны на методе обратной функции и методе отбраковки. В примере (файл example.cpp)  в качестве базового генератора использовался Вихрь Мерсенна (Mersenne twister) mt19937 из стандартной библиотеки <random>, которая входит в пакет Visual C++ 2008 Feature Pack Release (интерфейс позволяет подключить любой базовый генератор из этой или другой библиотеки).
Функциональные возможности - Интерфейс прикладного программирования (API) соответствует рекомендациям комитета по стандартизации C++ (документ TR1, С++ Standards Committee Technical Report 1), функциональность некоторых шаблонов классов несколько расширена.
Библиотека содержит генераторы распределений: Парето, Вейбулла, экспоненциальное (со сдвигом, усеченное),  распределения времени хранения SYN пакета. Более подробная информация содержится в файле readme.rtf.
Инструментальные средства создания - С++
Разработка библиотеки проводилась в рамках проекта, поддержанного Российским фондом фундаментальных исследований (код проекта 11-07-00183)

Назначение - Программа предназначена для демонстрации вероятностного закона, раскрывающего структуру поведения траекторий винеровского процесса
Область применения - Образование. Курс по теории случайных процессов. Изучение свойств стандартного винеровского процесса.
Используемый алгоритм - Используемый в программе алгоритм разработан на основе определения стандартного винеровского процесса [1], с использованием метода Монте-Карло [2] и теоремы А.Я. Хинчина  [1].
1. А.В.Булинский, А.Н. Ширяев. Теория случайных процессов. М.: Физматлит, 2003.
2. Ермаков С.М., Михайлов Г.А. Статистическое моделирование. М., Наука, 1982.
Функциональные возможности - Программа позволяет моделировать траектории винеровского процесса и  геометрию кривой, внутри которой (начиная с некоторого момента времени t(eps)) лежат почти все траектории с вероятностью 1, а также кривой, за которую траектории с вероятностью 1 выскакивают бесконечно часто (начиная с некоторого момента времени t(eps)).
В качестве входных параметров задаются: длина временного интервала, шаг сетки,  eps>0.
Инструментальные средства создания - Язык программирования Фортран