Разработки СО РАН - каталог программ

На данной странице представлен каталог программ, включенных в Фонд алгоритмов и программ Сибирского отделения РАН. Полный каталог программ и БД, включенных в Фонд, а также любые выборки по научным центрам, объединенным ученым советам и др. вы можете найти на данной странице.

2010-04-19
Программа для реконструкции, визуализации и анализа ассоциативных сетей (ЭНДВизио) / Program for reconstruction, visualization and analyze associative networks (ANDVisio)

Программа реализует графический пользовательский интерфейс для взаимодействия с базой данных ассоциативных сетей.

Программа позволяет реконструировать ассоциативные сети по запросу пользователя, производит раскладку на плоскости и визуализирует построенные сети.
В программе реализованы алгоритмы для анализа ассоциативных сетей. Программа позволяет производить поиск замкнутых циклов и наикратчайших путей между двумя объектами в ассоциативной сети, а также строить множество фундаментальных циклов.

Программа может быть использована в области молекулярной биологии, медицины и биотехнологии, а также других областях, связанных с изучением молекулярно-генетических систем.
2010-04-19
MONTEDOCK

Назначение - докинг низкомолекулярных лигандов к белкам.
Область применения - молекулярная биология.
Используемый алгоритм - используется случайный поиск позиции лиганда в заданной области пространства. Лиганд рассматривается как гибкий, также случайным образом задаются углы вращения различных молекулярных групп. После случайного позиционирования, выполняется оптимизация геометрии лиганда методом LBFGS. Расчеты выполняются в силовом поле AMBER. Результатом выполнения является заданное число позиций с наименьшей энергией.
Функциональные возможности - докинг в заданной области пространства, докинг по всей поверхности заданного белка.
Инструментальные средства создания - С++.
Основывается на коде, опубликованном в "A library of software components for molecular modeling programs" авторов E.S. Fomin, N.A. Alemasov, A.S. Chirtsov and A.E. Fomin, Biophysics. 51, suppl. 1 (2006) 110-112.
2010-04-19
BAUBLE

Назначение - восстановление отсутствующих атомов в pdb файлах. Позволяет восстанавливать пропущенные атомы, не лежащие в основной белковой цепи, водороды. Возможно выполнение замен аминокислотных остатков.
Область применения - молекулярная биология, химия
Используемый алгоритм основывается на конформном преобразовании пространства для заданного в amino*.lib файлах образцов аминокислотных остатков к соответствующему аминокислотному остатку в белке. Позиции недостающих атомов восстанавливаются согласно преобразованному образцу.
Инструментальные средства создания - С++
Основывается на коде, опубликованном в "A library of software components for molecular modeling programs" авторов E.S. Fomin, N.A. Alemasov, A.S. Chirtsov and A.E. Fomin, Biophysics. 51, suppl. 1

2010-04-19
EMINIMA - оптимизация структуры белок-лигандных комплексов

Назначение - оптимизация структуры белок-лигандных комплексов. Область применения - молекулярная биология, химия. Используемый алгоритм - LBFGS для оптимизации геометрии. Функциональные возможности - работает в составе комплекса BAUBLE + EMINIMA + MONTEDOCK. Инструментальные средства создания - С++. Основывается на коде, опубликованном в "A library of software components for molecular modeling programs" авторов E.S. Fomin, N.A. Alemasov, A.S. Chirtsov and A.E. Fomin. Biophysics. 51, suppl. 1 (2006) 110-112.
2010-04-16
Параллельная модификация длиннопериодного 128-битного конгруэнтного генератора псевдослучайных чисел

Функциональные возможности - параллельная модификация длиннопериодного 128-битного конгруэнтного генератора псевдослучайных чисел.
Назначение - использование при распределенных вычислениях по методу Монте-Карло.
Область применения - вычислительная математика.
Инструментальные средства создания - Fortran 90.
Использован алгоритм, разработанный автором. Ссылка на публикацию: Marchenko M.A. Mikhailov G.A. Parallel realization of statistical simulation and random number generators. // Russ. J. Numer. Anal. Math.
Modelling. 2002. Vol. 17. № 1. pp.113-124.