Разработки СО РАН - каталог БД

На данной странице представлен каталог баз данных, включенных в Фонд алгоритмов и программ Сибирского отделения РАН. Полный каталог программ и БД, включенных в Фонд, а также любые выборки по научным центрам, объединенным ученым советам и др. вы можете найти на данной странице.

2011-11-28
Регуляция транскрипции генов, экспрессируемых в эндокринной части поджелудочной железы (РТЭП); Endocrine Pancreas Transcription Regulatory Regions Database (EP-TRRD)

http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/papers/ignatieva/ep-trrd/
База данных " Регуляция транскрипции генов, экспрессируемых в эндокринной части поджелудочной железы " содержит информацию:
i) о структурно-функциональной организации регуляторных районов, контролирующих транскрипцию генов эндокринной части поджелудочной железы позвоночных (промоторах, энхансерах, сайленсерах, стартах транскрипции, сайтах связывания транскрипционных факторов);
ii) об особенностях экспрессии генов в зависимости от этапа индивидуального развития, типа клеток, влияния индукторов и т.д;
iii) о транскрипционных факторах, участвующих в регуляции.
Информация в базу данных РТЭП внесена  на основе анализа научных публикаций, описывающих результаты экспериментальных исследований. Информация представлена в формате, позволяющем производить быстрый поиск и анализ данных.
База данных РТЭП является источником информации, на основе которой возможно построение моделей регуляторных районов генов, а также реконструкция генных сетей.
Назначение – исследование механизмов регуляции углеводного метаболизма позвоночных на уровне транскрипции.
Область применения - информационная биология, молекулярная генетика, физиология, медицина, фармакология.
2011-11-28
Регуляция транскрипции генов липидного метаболизма (РТЛМ); Lipid Metabolism Transcription Regulatory Regions Database (LM-TRRD)

http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/papers/ignatieva/lm-trrd/
База данных " Регуляция транскрипции генов липидного метаболизма " содержит информацию:
i) о структурно-функциональной организации регуляторных районов, контролирующих транскрипцию генов липидного метаболизма эукариот (промоторах, энхансерах, сайленсерах, стартах транскрипции, сайтах связывания транскрипционных факторов);
ii) об особенностях экспрессии генов липидного метаболизма в зависимости от этапа индивидуального развития, типа клеток, ткани, влияния индукторов и т.д;
iii) о транскрипционных факторах, участвующих в регуляции.
Информация в базу данных РТЛМ внесена  на основе анализа научных публикаций, описывающих результаты экспериментальных исследований. Информация представлена в формате, позволяющем производить быстрый поиск и анализ данных.
База данных РТЛМ является источником информации, на основе которой возможно построение моделей регуляторных районов генов, а также реконструкция генных сетей.
Назначение - исследование механизмов регуляции липидного метаболизма эукариот на уровне транскрипции.
Область применения - информационная биология, молекулярная генетика, физиология, медицина, фармакология.
2011-11-28
Транскрипционные регуляторные единицы генов эукариот (Эу_TРЕГ) / Eukaryotic Transcription Regulatory Gene Regions (EuTRGR)

База данных "Транскрипционные регуляторные единицы генов эукариот (Эу_TРЕГ)"  предназначена для накопления экспериментальных данных о функциональных характеристиках и структуре транскрипционных регуляторных единиц генов эукариот.
Эу_TРЕГ предоставляет пользователю сведения о том, какие транскрипционные регуляторные единицы гена обеспечивают его экспрессию в конкретной ткани и клетке.
Описание функциональных и структурных характеристик регуляторных единиц генов эукариот, представленное в базе Эу_TРЕГ, является основой для решения актуальных задач биоинформатики. Представляет интерес для исследователей, занимающихся распознаванием сайтов связывания транскрипционных факторов; анализом закономерностей структурно-функциональной организации районов регуляции транскрипции генов эукариот; изучением механизмов транскрипции; реконструкцией генных сетей; интерпретацией данных microarray, подбором промоторов и энхансеров с заданными свойствами с целью создания трансгенных организмов и геносенсоров  и т.д.
Область применения - информационная биология, молекулярная генетика, медицина, фармакология.
2011-11-28
База данных для анализа взаимосвязей генотип-фенотип-окружающая среда у пшеницы / WheatPGE - Database for analysis of relationships between genotype-phenotype-environment in wheat/ВитПГЕ

База данных  «WheatPGE» («ВитПГЕ») хранит в себе отношения, описывающие различные характеристики растения, его генотип, фенотип и некоторые факторы внешней среды. База данных позволяет однозначно устанавливать взаимосвязь между генетическими и фенотипическими признаками растений и параметрами окружающей среды.
Текущая версия базы данных содержит около 300 аннотированных растений, более 90 описанных генотипов и более 1300 изображений морфологических признаков пшеницы.
Разработанная система позволяет ускорить работу селекционера-биолога, дает возможность в автоматическом режиме устанавливать взаимосвязи между фенотипом, генотипом и окружающей средой у пшеницы. С помощью системы «WheatPGE» эксперт может за считанные минуты анализировать сотни растений.

Область применения: База данных «WheatPGE» предназначена  для интеграции разнородных данных о растении.

База данных досупа по адресу: http://wheatdb.org/
2011-11-28
Интерферон-индуцируемые гены (ИИГ); Interferon-Inducible Genes Transcription Regulatory Regions Database (IIG-TRRD)

База данных "Интерферон-индуцируемые гены" содержит информацию об организации регуляторных районов и особенностях экспрессии генов эукариот, транскрипция которых усиливается под действием интерферонов I и II типа.
В базе данных собрана экспериментальная информация о механизмах активации генов и о транскрипционных факторах, участвующих в процессе активации, особенностях экспрессии генов в зависимости от типа клеток, ткани, влияния индукторов и т.д. Имеется информация о протяженных регуляторных районах (промоторах, энхансерах, сайленсерах), стартах транскрипции, сайтах связывания транскрипционных факторов, белках, влияющих на уровень транскрипции гена и т.д.
Назначение - изучение молекулярных механизмов активации интерфероновой системы.
Область применения - информационная биология, молекулярная генетика, медицина, фармакология.

База данных доступна по адресу:
http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/papers/ananko/iig-trrd/