Разработки СО РАН - каталог БД

На данной странице представлен каталог баз данных, включенных в Фонд алгоритмов и программ Сибирского отделения РАН. Полный каталог программ и БД, включенных в Фонд, а также любые выборки по научным центрам, объединенным ученым советам и др. вы можете найти на данной странице.

2010-04-20
Растения, Паттерны, Фенотипы (3П-ДБ) / Plants, Patterns, Phenotypes (3P-DB)

Назначение - Ресурс по экспериментальным данным о паттернах экспрессии и фенотипическим аномалиям развития корней растений.
Область применения - Генетика развития растения.
Используемый алгоритм - Систематизация данных, основанная на биологических онтологиях.
Функциональные возможности - База данных «3P-DB» предназначена для интеграции данных об экспрессии генов растений разных видов в развитии на молекулярном, тканевом и фенотипическом уровнях. Информационная часть базы данных (БД) «3P-DB» состоит из следующих разделов: БД генов, мутантов и трансгенных конструкций растений разных видов; БД по экспрессии генов растений в норме, при мутациях, в трансгенах и при обработке активными веществами и факторами; БД фенотипических аномалий развития корневых систем; терминологические системы. К терминологическим системам в первую очередь относится онтология развития корневых систем растений, которая состоит из двух контролируемых словарей по: (1) стадиям развития корневой системы и (2) анатомии и морфологии корневой системы. К программным компонентам БД «3P-DB» относятся: система ввода и редактирования, интернет-сайт с системой запросов, веб-интерфейс онтологии развития корневых систем растений.
Инструментальные средства создания - Java, Berkeley DB XML.
2010-04-19
TRRD (Transcription Regulation Database); Регуляторные районы транскрипции эукариот (РРТЭ)

Разработанная база данных предназначена для использования в области молекулярной биологии, генетики, генной инженерии, математической биологии и других областях, связанных с исслеодованием функционирования генома эукариот. Имея эту базу данных, можно проводить сравнительный анализ регуляторных районов как гомологичных, так и негомологичных генов различных организмов; делать выборки функциональных сайтов определенных типов для анализов компьютерными методами. Кроме того, используя информацию, имеющуюся в базе данных, пользователь может получить графическую карту нужного гена. Информация, представленная в базе данных, может помочь в планировании экспериментальных исследований конкретного гена.
Инструментальные средства создания - FoxPro
2010-04-19
Регуляторные районы генов прокариот (ProkaTEX)

База данных ProkaTEX предназначена для накопления экспериментальных данных по структуре регуляторных районов генов у различных видов бактерий, а также данных по экспрессии генов в зависимости от стадии роста бактериальной культуры, источников питания и дыхания, различных внешних воздействий и т.д.
Комплексное описание регуляции транскрипции генов прокариот, представленное в базе ProkaTEX, является основой для решения большого числа актуальных задач биоинформатики и представляет интерес для исследователей, занимающихся анализом закономерностей структурно-функциональной организации районов регуляции транскрипции генов прокариот; распознаванием сайтов связывания транскрипционных факторов; изучением механизмов транскрипции; реконструкцией генных сетей; моделированием молекулярно-генетических процессов в бактериальной клетке; интерпретацией данных microarray и т.д.
Источником информации для базы является аннотация научных статей, опубликованных в открытой печати.
Язык программирования: Icarus
СУБД: Sequence Retrieval System (SRS)
2010-04-19
GeneNet (Gene Networks); Генные Сети (ГС)

Разработанная база данных предназначена для использования в области молекулярной биологии, генетики, генной инженерии, математической биологии и других областях, связанных с исследованиями регуляции функционирования генных сетей. Имея эту базу данных, пользователь может получать графические схемы генных сетей на основе их формализованного описания, проводить сравнительный анализ их функционирования у различных организмов, в разных органах, тканях и типах клеток. Кроме того, используя данные из базы Генные Сети, пользователь имеет возможность моделировать направленное воздействие некоторых веществ (лекарств, химических реагентов и т.д.) на различные физиологические функции организма. Информация, представленная в базе данных, может помочь в планировании экспериментальных исследований генных сетей, а также может использоваться для обучения студентов высших учебных заведений биологических специальностей.
Инструментальные средства создания - Java
2010-04-19
Экспрессия Эукариотических Генов (ЭкспЭуГен)/ Eukaryotic Gene Expression database (EuGenExpDB)

Уровень экспрессии одного и того же гена может сильно отличаться в разных типах клеток, на разных стадиях развития организма, клеточного цикла и т.д. От специфического изменения уровня транскрипции гена в ответ на специфические вещества может зависеть развитие болезни или способность организма адаптироваться к неблагоприятным условиям среды, а в некоторых случаях даже жизнь клетки. База данных ЭкспЭуГен предназначена для накопления экспериментальных данных об уровне экспрессии генов эукариот в разных условиях, об изменении уровня транскрипции под действием различных индукторов и репрессоров, а также о молекулярных механизмах, обеспечивающих нужный уровень транскрипции. Информация собирается путем аннотирования опубликованных экспериментальных работ. Единицей входа в базу является ген, в описании которого имеются ссылки на раздел, содержащий информацию об уровне экспрессии в разных условиях, и раздел библиографии литературы. ЭкспЭуГен содержит информацию об уровне экспрессии гена, стадии развития организма, дифференцировки клетки, клеточного цикла, органе, ткани, типе клетки и т.д., в которых определялся уровень экспрессии. ЭкспЭуГен может являться основой для проверки данных микрочипового анализа, решения многих задач биоинформатики, молекулярной генетики и медицины.
Инструментальные средства создания - Icarus