Разработки СО РАН - каталоги программ и БД

Поиск по каталогам:

2010-04-21

Программа распознавания функциональных сайтов в пространственных структурах белков (ПДБСАЙТСКАН)/Program for search of functional sites in the spatial structures of proteins (PDBSiteScan) предназначена для функциональной аннотации белковых молекул, реконструкции сетей белок-белковых и белок-лиганд взаимодействий. Программа может быть использована в области молекулярной биологии, медицины и биотехнологии, а также других областях, связанных с изучением функционального строения белков и молекулярно-генетических систем. Программа позволяет распознавать функциональные сайты в пространственных структурах белков, включая: сайты каталитических центров ферментов, сайты пострансляционных модификаций белков, сайты связывания ионов металлов, сайты связывания органических и неорганических лигандов, сайты связывания ДНК и РНК. Программа обеспечивает выявление функционально важных свойств структуры белков, необходимых для решения задач идентификации функции белков, поиска мишеней для лекарственных препаратов и целенаправленного конструирования белков с улучшенными медико-биологическими свойствами.

2010-04-21

База данных нанобиоматериалов (НАНОБИОБАЗА) предназначена для хранения и поиска информации о названиях и свойствах нанобиоматериалов. База данных может быть использована в области нанобиотехнологии, биотехнологии, молекулярной биологии, медицины, а также других областях, в которых используются наноматериалы. База данных содержит информацию, автоматически извлеченную из текстов рефератов базы данных Pubmed методами Text-Mining.

2010-04-21

База данных нанобиотехнологий (НАНОБИОТЕХБАЗЕ) предназначена для хранения и поиска информации о нанобиотехнологиях. База данных может быть использована в области нанобиотехнологии, биотехнологии, молекулярной биологии, медицины, а также других областях, в которых используются нанотехнологии. База данных содержит информацию о названиях, описаниях и областях применения нанобиотехнологий, автоматически извлеченную из текстов рефератов базы данных Pubmed методами Text-Mining.

2010-04-20

Функциональные возможности программы - Расчет нелинейных упругопластических деформаций изотропного твердого тела в простой геометрической постановке (прямоугольная область). Двухмерные задачи. Возможность задавать следующие граничные условия: свободная граница, скорость границы, напряжения на границе, комбинации всех этих условий.

Назначение - моделирование конечных упругопластических деформаций твердого тела. Область применения -деформации металлов, резиноподобные материалы, геодинамика.

Используемый алгоритм - алгоритм основан на конечно-объемной схеме Годунова с приближенным решением задачи о распаде произвольного разрыва и приведение системы уравнений к симметрическому гиперболическому виду [1], [2].

Инструментальные средства создания - Fortran 90.

[1] Годунов С.К., Пешков И.М. "Симметрические гиперболические уравнения нелинейной теории упругости" // Журн. вычислит. математики и мат. физики. 2008. Т. 48, № 6, C. 1034-1055.
[2] Пешков И.М. "Численное моделирование разрывных решений в нелинейной теории упругости" // Журнал прикладной механики и технической физики. 2009. Т. 5, C. 152-161.

2010-04-20

Разработанная программа предназначена для автоматической реконструкции математической модели генной сети (ГС) на основе её структурно-функциональной организации. Программа позволяет: (1) для определённого набора структурных паттернов ГС генерировать математическую модель; (2) позволяет экспортировать полученную математическая модель в среды моделирования поддерживающие форматы «SiBML» и «SBML» и программный пакет «Mathematica», и (3) формировать базу математических моделей элементарных подсистем ГС.
Подробнее можно узнать в следуюших публикациях:
1) Ф.В. Казанцев, И.Р. Акбердин, К.Д. Безматерных, В.А. Лихошвай. Система автоматизированной генерации математических моделей генных сетей // информационный вестник ВОГиС, Т. 13. N. 1. 2009. С. 163-169
2) Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Гайнова И.А., Королев В.К., Медведев А.Е. (2009). Новые компьютерные технологии для построения, анализа и численного исследования математических моделей молекулярно-генетических систем. СибЭМЖ, Том VI, стр. 440-456.