Разработки СО РАН - каталоги программ и БД

Поиск по каталогам:

2010-04-19

Программа реализует графический пользовательский интерфейс для взаимодействия с базой данных ассоциативных сетей.

Программа позволяет реконструировать ассоциативные сети по запросу пользователя, производит раскладку на плоскости и визуализирует построенные сети.
В программе реализованы алгоритмы для анализа ассоциативных сетей. Программа позволяет производить поиск замкнутых циклов и наикратчайших путей между двумя объектами в ассоциативной сети, а также строить множество фундаментальных циклов.

Программа может быть использована в области молекулярной биологии, медицины и биотехнологии, а также других областях, связанных с изучением молекулярно-генетических систем.

2010-04-19

База данных Пространственные структуры функциональных сайтов белков (ПДБСАЙТ)/Spatial structure of protein functional sites (PDBSite) предназначена для функциональной аннотации белковых молекул, реконструкции сетей белок-белковых и белок-лиганд взаимодействий. База данных может быть использована в области молекулярной биологии, медицины и биотехнологии, а также других областях, связанных с изучением функционального строения белков и молекулярно-генетических систем. База данных содержит информацию о пространственной структуре функциональных сайтов белков, включая: сайты каталитических центров ферментов, сайты пострансляционных модификаций белков, сайты связывания ионов металлов, сайты связывания органических и неорганических лигандов, сайты связывания ДНК и РНК. База данных обеспечивает пользователя информацией о функционально важных свойствах структуры белков, необходимых для решения задач идентификации функции белков, поиска мишеней для лекарственных препаратов и целенаправленного конструирования белков с улучшенными медико-биологическими свойствами.

2010-04-19

База данных ProkaTEX предназначена для накопления экспериментальных данных по структуре регуляторных районов генов у различных видов бактерий, а также данных по экспрессии генов в зависимости от стадии роста бактериальной культуры, источников питания и дыхания, различных внешних воздействий и т.д.
Комплексное описание регуляции транскрипции генов прокариот, представленное в базе ProkaTEX, является основой для решения большого числа актуальных задач биоинформатики и представляет интерес для исследователей, занимающихся анализом закономерностей структурно-функциональной организации районов регуляции транскрипции генов прокариот; распознаванием сайтов связывания транскрипционных факторов; изучением механизмов транскрипции; реконструкцией генных сетей; моделированием молекулярно-генетических процессов в бактериальной клетке; интерпретацией данных microarray и т.д.
Источником информации для базы является аннотация научных статей, опубликованных в открытой печати.
Язык программирования: Icarus
СУБД: Sequence Retrieval System (SRS)

2010-04-19

Разработанная база данных предназначена для использования в области молекулярной биологии, генетики, генной инженерии, математической биологии и других областях, связанных с исслеодованием функционирования генома эукариот. Имея эту базу данных, можно проводить сравнительный анализ регуляторных районов как гомологичных, так и негомологичных генов различных организмов; делать выборки функциональных сайтов определенных типов для анализов компьютерными методами. Кроме того, используя информацию, имеющуюся в базе данных, пользователь может получить графическую карту нужного гена. Информация, представленная в базе данных, может помочь в планировании экспериментальных исследований конкретного гена.
Инструментальные средства создания - FoxPro

2010-04-19

Разработанная база данных предназначена для использования в области молекулярной биологии, генетики, генной инженерии, математической биологии и других областях, связанных с исследованиями регуляции функционирования генных сетей. Имея эту базу данных, пользователь может получать графические схемы генных сетей на основе их формализованного описания, проводить сравнительный анализ их функционирования у различных организмов, в разных органах, тканях и типах клеток. Кроме того, используя данные из базы Генные Сети, пользователь имеет возможность моделировать направленное воздействие некоторых веществ (лекарств, химических реагентов и т.д.) на различные физиологические функции организма. Информация, представленная в базе данных, может помочь в планировании экспериментальных исследований генных сетей, а также может использоваться для обучения студентов высших учебных заведений биологических специальностей.
Инструментальные средства создания - Java