Разработки СО РАН - каталоги программ и БД

Поиск по каталогам:

2010-04-19

Уровень экспрессии одного и того же гена может сильно отличаться в разных типах клеток, на разных стадиях развития организма, клеточного цикла и т.д. От специфического изменения уровня транскрипции гена в ответ на специфические вещества может зависеть развитие болезни или способность организма адаптироваться к неблагоприятным условиям среды, а в некоторых случаях даже жизнь клетки. База данных ЭкспЭуГен предназначена для накопления экспериментальных данных об уровне экспрессии генов эукариот в разных условиях, об изменении уровня транскрипции под действием различных индукторов и репрессоров, а также о молекулярных механизмах, обеспечивающих нужный уровень транскрипции. Информация собирается путем аннотирования опубликованных экспериментальных работ. Единицей входа в базу является ген, в описании которого имеются ссылки на раздел, содержащий информацию об уровне экспрессии в разных условиях, и раздел библиографии литературы. ЭкспЭуГен содержит информацию об уровне экспрессии гена, стадии развития организма, дифференцировки клетки, клеточного цикла, органе, ткани, типе клетки и т.д., в которых определялся уровень экспрессии. ЭкспЭуГен может являться основой для проверки данных микрочипового анализа, решения многих задач биоинформатики, молекулярной генетики и медицины.
Инструментальные средства создания - Icarus

2010-04-19

Назначение - оптимизация структуры белок-лигандных комплексов. Область применения - молекулярная биология, химия. Используемый алгоритм - LBFGS для оптимизации геометрии. Функциональные возможности - работает в составе комплекса BAUBLE + EMINIMA + MONTEDOCK. Инструментальные средства создания - С++. Основывается на коде, опубликованном в "A library of software components for molecular modeling programs" авторов E.S. Fomin, N.A. Alemasov, A.S. Chirtsov and A.E. Fomin. Biophysics. 51, suppl. 1 (2006) 110-112.

2010-04-16

Программный комплекс SMILE (Statistical Modeling In Low-desity Environment) предназначен для проведения численного моделирования течений газа в широком диапазоне чисел Кнудсена методом прямого статистического моделирования Монте-Карло.
Основные особенности: Моделирование двумерных, осесимметричных и трёхмерных течений; Учёт реальных свойств газа; Широкая база данных по свойствам газов; Возможность работы как на однопроцессороном компьютере, так и удалённо на многопроцессорных кластерах; Развитый графический пользовательский интерфейс.

Программный комплекс SMILE может быть использован для широкого круга задач динамики разреженного газа: от проведения расчётов спуска космических аппаратов с орбиты до моделирования течения в микроканалах.

2010-04-16

Программная система RuSat (Rapid Unified Satellite Aerodymanics Toolkit) предназначена для расчётов аэродинамики тел в гиперзвуковом потоке инженерными методами. Основная область применения -- проведение большого количества многопараметрических расчётов на начальном этапе проектирования аэродинамической формы космических аппаратов. С помощью RuSat можно быстро оценить аэродинамические нагрузки на космический аппарат при большом количестве вариантов начальных данных (углов атаки и скольжения, высоты, отклонения органов управления и т.п.). Программа имеет клиент-серверную архитектуру. Посчитанные варианты хранятся в централизованной базе данных на сервере, благодаря чему доступ к ним может быть осуществлён с любой машины в сети.

2010-04-16

Функциональные возможности базы данных:  База данных “Генные сети Арабидопсиса (ГСА)” содержит информацию о генах, регулирующих морфогенез, их экспрессии, влиянии мутаций на молекулярный и морфологический фенотип растений. На основе наиболее изученного с генетической точки растения и наиболее секвенированного и аннотированного к настоящему времени генома эукариот, AGNS обеспечивает представление данных по морфогенезу растений в формате, детально описывающем морфогенез от нуклеотидной последовательности до фенотипа, и, в тоже время, позволяющем производить компьютерный логический анализ этих данных.
Назначение - Ресурс по экспериментальным данным о паттернах экспрессии и фенотипическим аномалиям развития арабидопсиса.
Область применения - Генетика развития растения.
Инструментальные средства создания - Java, Berkeley DB XML.