Разработки СО РАН - каталоги программ и БД

Пакет программ минимизации нелинейных функций при линейных ограничениях, заданных разреженными матрицами. Алгоритмы основываются на технологии приведенного градиента, которая состоит в сочетании модифицированного симплекс-метода и некоторого метода безусловной минимизации (метод сопряженных градиентов, квазиньютоновский метод, субградиентный метод).
Назначение -  предназначен для минимизации выпуклых функций с учетом линейных ограничений.
Используемый алгоритм - алгоритм взят из книги "Современное линейное программирование. Теория и практика", автор Б. Муртаф, изд-во М.:"Мир", 1984 г.
Функциональные возможности - Использование метода сопряженных градиентов позволяет решать задачи с непрерывно дифференцируемыми функциями большой размерности. Квазиньютоновский метод обеспечивает решение гладких задач небольшой и средней размерности с высокой точностью. Субградиентный метод применим в задачах с негладкими функциями.
Инструментальные средства создания - Программы написаны на языке Фортран -77. 

Программа GALA-2.0 предназначена для решения следующих стандартных вычислительных задач линейной алгебры для заполненных вещественных матриц: решение линейных систем и решение симметрических спектральных задач. При разработке этой программы использовалась методика учета и суммирования машинных погрешностей, основанная на известном методе обратного анализа (см. Бибердорф Э.А., Попова Н.И. “Гарантированная точность современных алгоритмов линейной алгебры”, Новосибирск, Изд-во СО РАН, 2006).

Программа GALA-2.0 ориентирована на пользователя, не являющегося специалистом в вычислительной линейной алгебре, и отвечает следующим требованиям:

1. максимальный уровень автоматизации анализа свойств задачи;
2. сопровождение результата вычислений гарантированной оценкой его точности;
3. содержательная диагностика причин аварийных остановок.

Программа распознавания функциональных сайтов в пространственных структурах белков (ПДБСАЙТСКАН)/Program for search of functional sites in the spatial structures of proteins (PDBSiteScan) предназначена для функциональной аннотации белковых молекул, реконструкции сетей белок-белковых и белок-лиганд взаимодействий. Программа может быть использована в области молекулярной биологии, медицины и биотехнологии, а также других областях, связанных с изучением функционального строения белков и молекулярно-генетических систем. Программа позволяет распознавать функциональные сайты в пространственных структурах белков, включая: сайты каталитических центров ферментов, сайты пострансляционных модификаций белков, сайты связывания ионов металлов, сайты связывания органических и неорганических лигандов, сайты связывания ДНК и РНК. Программа обеспечивает выявление функционально важных свойств структуры белков, необходимых для решения задач идентификации функции белков, поиска мишеней для лекарственных препаратов и целенаправленного конструирования белков с улучшенными медико-биологическими свойствами.