DIALIGN-TX это консольная утилита для множественного выравнивания последовательностей ДНК и белков.

Программа представляет из себя полную реализацию алгоритма выравнивания основанного на независимой обработке отдельных сегментов и имеет ряд улучшений и эвристик которые значительно улучшают качество результирующего выравнивания в сравнении с предыдущими версиями программы DIALIGN 2.2 и DIALIGN-T.

Garlic является инструментов для исследования и анализа мембранных белков. Помимо основного предназначения эта программа может использоваться для визуализации других типов белков,  или просто геометрических объектов записанных в формате PDB. Возможности визуализации включают в себя отображение отдельных атомы, межатомных связяй, мембран, ансамблей молекул, контекстной информации о выделенном объекте, набор графиков и диаграмм отображающих свойства визуализируемых объектов.

HMMER это реализация метода поиска в базах биологических последовательностей с использованием в качестве запроса к базе профиля множественном выравнивания. В основе алгоритмов построения и поиска пакета HMMER лежит теория скрытых марковских моделей, имитирующих работу процесса, похожего на марковский процесс с неизвестными параметрами, и задачей ставится разгадывание неизвестных параметров на основе наблюдаемых.

Пакет HMMER содержит набор консольных программ для построения статистических HMM профилей и поиска в биологических последовательностях при помощи уже готовых HMM профилей.

MUMmer это система для быстрого выравнивания больших геномных последовательностей.

Например, MUMmer 3.0 может найти все повторы длиной 20 или больше в геноме размером 5Мб за несколько секунд используя при этом порядка 80Мб оперативной памятию. MUMmer может также использоваться для сборки геномов из фрагментов.

Одна из самых быстрых и эффективных программ для множественного выравнивания белковых и нуклеотидных последовательностей. Согласно тестам MUSCLE достигает очень высоких результатов на системах тестирования качества множественного выравнивания, в основе которых лежат общепризанные базы известных выравниваний prefab и balibase.

MUSCLE это консольная утилита работающая преимущественно с FASTA и CLUSTAL форматами данных.

Primer3 это широко известная и используемая в мире молекулярных биологов программа для дизайна ПЦР (ПОЛИМЕРАЗНО-ЦЕПНАЯ РЕАКЦИЯ) праймеров. ПЦР - это метод молекулярной диагностики, ставший для ряда инфекций "золотым стандартом", проверен временем и тщательно апробирован клинически. Метод ПЦР позволяет определить наличие возбудителя заболевания, даже если в пробе присутствует всего несколько молекул ДНК возбудителя. Поскольку ПЦР может использоваться для широкого ряда задач, Primer3 также имеет множество различных входных параметров и настроек для того, чтобы как можно точнее указывать характеристики результата.

Plasmidomics предназначен для рисования плазмид и векторных систем с использованием плазмид. Plasmidomics имеет развитые возможности экспорта и может использоваться при создании иллюстраций для презентаций или публикаций. Основным форматом экспорта для Plasmidomics является PostScript.

Ghemical - это пакет программ для молекулярного моделирования с графическими интерфейсами (для библиотеки GLUT и GNOME) и несколькими интересными инструментами 3D-визуализации.

Используются методы, основанные на молекулярной и квантовой механике (с использованием MOPAC7, и MPQC для QM).  В пакет включены алгоритмы геометрической оптимизации (для ММ и QM) и молекулярной динамики (для MM).  Программа Ghemical написана на С++, предоставляет хорошую основу для всех свободно распространяемых программ молекулярного моделирования.

Пакет ncbi-tools-x11 содержит набор графических утилит и полноценных программ основанных на базе известного пакета NCBI SDK. В пакет входят такие программы для работы с базами данных NCBI как Cn3D, Network Entrez, Sequin, ddv, и udv.

PyMol (PyMOL Molecular Graphics System) - это графическая програма, которая предоставляет 3D визуализацию для белков, небольших молекул, молекулярных поверхностей и траекторий. В основе программы лежит встроенных интерпретатор языка Python, что позволяет легко расширять возможности программы для своих нужд. Помимо визуализации PyMol может быть использован для редактирования анализируемых данных с последующей записью их в PDB формат.