Свободное приложение для интерактивной геометрии. Простейший способ использования Geomview — использовать его для просмотра и управления геометрическими объектами.  Geomview предназначен как для исследовательских нужд, так и для обучения. Geomview может использоваться для отображения данных, получаемых из сторонней программы (например, Mathematica или Maple), исполняющейся параллельно с Geomview.

Свободная система вычислительной теории групп. Magnus предоставляет возможности для вычисления в бесконечных группах. Практически все алгебраические системы ориентированны на конечные вычисления, для которых гарантировано завершение за некоторое конечное время. Magnus, напротив, занимается экспериментами и вычислениями на бесконечных группах.

Magnus предоставляет интуитивно-понятный графический интерфейс, возможность параллельного запуска различных алгоритмов на одной и той же задаче, генетические алгоритмы, построение аппроксимаций для сложных задач.

Свободная система вычислительной алгебры, в частности вычислительной теории групп. Gap предоставляет язык программирования, библиотеку алгебраических алгоритмов, написанную на этом языке. Gap используется в исследованиях и изучениях различных алгебраических и комбинаторных структур.

KLogic – это приложение для построения и симуляции цифровых схем. Программа позволяет удобно строить  схемы из стандартных компонетов, таких как AND, OR, XOR а также триггеров (RS, JK). Для создания сложных и переиспользуемых схем есть возможность определения подсхем.

Пакет позволяет использовать пошаговую симуляцию, изменять задержки для каждого элемента, отображать поток сигналов в виде графа.

Интегрированная программная среда для создания печатных плат. Включает в себя редактор схем, редактор разводки печатных плат, вспомогательные инструменты, а также средство просмотра результирующих трехмерных моделей.

Пакет имеет модульную структуру и состоит из нескольких компонет и библиотек.

Комплексная CAD-система, для разнообразного проектирования, включая компоновку ИС, проектирование схем, спецификацию языков описания аппаратуры и прочее.

Свободное ПО – VHDL-симулятор. Основные возможности:

• Графическое отображение вэйвформ
• Встроенный отладчик
• Соответствие стандарту VHDL-93

UGENE это свободное ПО для работы молекулярного биолога. Пакет является кроссплатформенным, локализован на русский язык.

Основные вычислительные возможности:

• Множественное выравнивание последовательностей на основе MUSCLE 3 и MUSCLE 4;
• Анализ с помощью скрытых марковских моделей, основанный на HMMER 2 и HMMER 3;
• Дизайн ПЦР-праймеров с помощью Primer 3;
• Предсказание вторичной структуры белков с помощью GOR IV и PSIPRED;
• Поиск сайтов рестрикции;
• Сверхбыстрый поиск повторов;
• Анализ сайтов связывания транскрипционных факторов на основе SITECON;
• Поиск открытых рамок считывания;
• Выравнивание последовательностей с помощью алгоритма Смита-Ватермана.

Пользовательский интерфейс:

• Визуализация хроматограмм;
• Просмотр трехмерных моделей PDB и MMDB;
• Редактор множественного выравнивания;
• Конструктор вычислительных схем автоматизирующий процесс анализа;
• Поддержка сохранения изображений в векторные форматы для удобства публикации.

BLAST2  - семейство компьютерных программ, служащих для поиска гомологов белков или нуклеиновых кислот, для которых известна первичная структура (последовательность) или её фрагмент. Используя BLAST, исследователь может сравнить имеющуюся у него последовательность с последовательностями из базы данных и найти последовательности предполагаемых гомологов. Является важнейшим инструментом для молекулярных биологов, биоинформатиков, систематиков. Семейство программ серии BLAST делится на 5 основных групп:

1. Нуклеотидные - предназначены для сравнения изучаемой нуклеотидной последовательности с базой данных секвенированных нуклеиновых кислот и их участков:
   • megablast - быстрое сравнение с целью поиска высоко сходных последовательностей,
   • dmegablast - быстрое сравнение с целью поиска дивергировавших последовательностей, обладающих незначительным сходством,
   • blastn - медленное сравнение с целью поиска всех сходных последовательностей и др.
2. Белковые - предназначены для сравнения изучаемой аминокислотной последовательности белка с имеющейся базой данных белков и их участков.
   • blastp - медленное сравнение с целью поиска всех сходных последовательностей,
   • cdart - сравнение с целью поиска гомологичных белков по доменной архитектуре,
   • rpsblast - сравнение с базой данных консервативных доменов,
   • psi-blast - сравнение с целью поиска последовательностей, обладающих незначительным сходством,
   • phi-blast - поиск белков, содержащих определенный пользователем паттерн и др.
3. Транслирующие - способны транслировать нуклеотидные последовательности в аминокислотные:
   • blastx - переводит изучаемую нуклеотидную последовательность в кодируемые аминокислоты, а затем сравнивает ее с имеющейся базой данных аминокислотных последовательностей белков,
   • tblastn - изучаемая аминокислотная последовательность сравнивается с транслированными последовательностями базы данных секвенированных нуклеиновых кислот,
   • tblastx - переводит изучаемую нуклеотидную последовательность в аминокислотную, а затем сравнивает ее с транслированными последовательностями базы данных секвенированных нуклеиновых кислот.
4. Геномные - предназначены для сравнения изучаемой нуклеотидной последовательности с базой данных секвенированного генома какого-либо организма (человека, мыши и др.)
5. Специальные - прикладные программы, использующие BLAST:
   • bl2seq - сопоставление двух последовательностей по принципу локальных выравниваний, VecScreen - определение сегментов нуклеотидной последовательности нуклеиновой кислоты, которые могут иметь векторное происхождение и др.

ClustalW - Программа для множественного выравнивания последовательностей ДНК и белков.  Работает в два этапа. Первый - попарное выравнивание всех со всеми для оценки сходства. Второй этап - после построения филогенетического дерева выравнивание глобальное. Отличие программы ClustalW от ClustalX состоит в том, что в ClustalX используется графический интерфейс, в то время как ClustalW  работает через командную строку или он-лайн.