Новости

База данных ConSensor предназначена для накопления информации о существующих в научной литературе геносенсорных разработках и содержит данные о структуре и эффективности этих конструкций.
База ConSensor может быть использована для поиска геносенсоров, чувствующих присутствие в среде различных токсических для клетки веществ и представляет интерес для исследователей, занимающихся разработкой и созданием новых, высокоэффективных и чувствительных методов мониторинга чистоты воды, воздуха, пищевых продуктов, а также контроля генотоксичности и/или мутагенности лекарственных препаратов, биологически активных добавок, бытовой химии и т.д. Источником информации для базы является аннотация научных статей, опубликованных в открытой печати.
Язык программирования: Icarus,
СУБД: Sequence Retrieval System (SRS),
Структура и формат базы описан в: Khlebodarova T.M., Tikunova N.V., Kachko A.V., Stepanenko I.L., Podkolodny N.L., Kolchanov N.A. Application of bioinformatics resources for genosensor design. // J. Bioinform. Comput. Biol. 2007. V. 5. P. 507-520.

2010-04-19

Матрицы сайтов связывания транскрипционных факторов (ArtSite)

База данных ArtSite предназначена для аннотации экспериментальной информации по структуре сайтов связывания транскрипционных факторов (ТФ) у про- и эукариот. База основана на описании структуры сайтов связывания ТФ с помощью частотных матриц, которые построены в результате выравнивания представительных выборок нуклеотидных последовательностей сайтов связывания ТФ. Выборки сайтов созданы на основе in vitro синтезированных последовательностей, выявленных с помощью различных методов селекции, и описанных в научных статьях, опубликованных в открытой печати. База представляет интерес для всех исследователей, занимающихся изучением механизмов регуляции экспрессии генов как у про-, так и у эукариот и может быть использована для распознавания сайтов связывания ТФ при исследовании геномов различных видов организмов.
Язык программирования: Icarus
СУБД: Sequence Retrieval System (SRS)

2010-04-19

Матрицы функциональных сайтов связывания транскрипционных факторов про- и эукариот (RealSite)

База данных RealSite предназначена для накопления информации по структуре функциональных сайтов связывания транскрипционных факторов (ССТФ) у про- и эукариот. База основана на описании структуры ССТФ с помощью частотных матриц, которые построены в результате выравнивания представительных выборок нуклеотидных последовательностей ССТФ. В базе данных RealSite выборки ССТФ созданы на основе только тех последовательностей ДНК, функциональность которых в структуре промотора подтверждена экспериментально. База RealSite служит основой для решения ряда актуальных задач биоинформатики и представляет интерес для исследователей, занимающихся распознаванием сайтов связывания ТФ, изучением механизмов транскрипции и реконструкцией генных сетей.
СУБД: Sequence Retrieval System (SRS)

2010-04-19

База данных ассоциативных сетей (ЭНДЦелл)/Associative network database (ANDCell)

База данных ассоциативных сетей (ЭНДЦелл)/Associative network database (ANDCell) предназначена для реконструкции ассоциативных сетей, описывающих молекулярно-генетические взаимодействия в клетке, а также ассоциативные связи генов с заболеваниями. База данных может быть использована в области молекулярной биологии, медицины и биотехнологии, а также других областях, связанных с изучением молекулярно-генетических систем.
База данных содержит информацию, автоматически извлеченную из текстов рефератов базы данных Pubmed методами Text-Mining, о молекулярно-биологических взаимодействиях между генами, белками, микроРНК, метаболитами, молекулярные процессами, клеточными компонентами. В базе данных представлены взаимодействия следующих типов:
1)физические взаимодействия между белками, белками и низкомолекулярными соединениями, белками и генами;
2)ассоциативные связи между белками, генами, низкомолекулярными соединениями и заболеваниями;
3)каталитические реакции;
4)регуляция:
стабильности белка, посредством пострансляционных модификаций;
активности белка, посредством пострансляционных модификаций;
экспрессии гена;
клеточных процессов.

2010-04-19

Программа для реконструкции, визуализации и анализа ассоциативных сетей (ЭНДВизио) / Program for reconstruction, visualization and analyze associative networks (ANDVisio)

Программа реализует графический пользовательский интерфейс для взаимодействия с базой данных ассоциативных сетей.

Программа позволяет реконструировать ассоциативные сети по запросу пользователя, производит раскладку на плоскости и визуализирует построенные сети.
В программе реализованы алгоритмы для анализа ассоциативных сетей. Программа позволяет производить поиск замкнутых циклов и наикратчайших путей между двумя объектами в ассоциативной сети, а также строить множество фундаментальных циклов.

Программа может быть использована в области молекулярной биологии, медицины и биотехнологии, а также других областях, связанных с изучением молекулярно-генетических систем.