Назначение - оптимизация структуры белок-лигандных комплексов. Область применения - молекулярная биология, химия. Используемый алгоритм - LBFGS для оптимизации геометрии. Функциональные возможности - работает в составе комплекса BAUBLE + EMINIMA + MONTEDOCK. Инструментальные средства создания - С++. Основывается на коде, опубликованном в "A library of software components for molecular modeling programs" авторов E.S. Fomin, N.A. Alemasov, A.S. Chirtsov and A.E. Fomin. Biophysics. 51, suppl. 1 (2006) 110-112.

Уровень экспрессии одного и того же гена может сильно отличаться в разных типах клеток, на разных стадиях развития организма, клеточного цикла и т.д. От специфического изменения уровня транскрипции гена в ответ на специфические вещества может зависеть развитие болезни или способность организма адаптироваться к неблагоприятным условиям среды, а в некоторых случаях даже жизнь клетки. База данных ЭкспЭуГен предназначена для накопления экспериментальных данных об уровне экспрессии генов эукариот в разных условиях, об изменении уровня транскрипции под действием различных индукторов и репрессоров, а также о молекулярных механизмах, обеспечивающих нужный уровень транскрипции. Информация собирается путем аннотирования опубликованных экспериментальных работ. Единицей входа в базу является ген, в описании которого имеются ссылки на раздел, содержащий информацию об уровне экспрессии в разных условиях, и раздел библиографии литературы. ЭкспЭуГен содержит информацию об уровне экспрессии гена, стадии развития организма, дифференцировки клетки, клеточного цикла, органе, ткани, типе клетки и т.д., в которых определялся уровень экспрессии. ЭкспЭуГен может являться основой для проверки данных микрочипового анализа, решения многих задач биоинформатики, молекулярной генетики и медицины.
Инструментальные средства создания - Icarus

Разработанная база данных предназначена для использования в области молекулярной биологии, генетики, генной инженерии, математической биологии и других областях, связанных с исследованиями регуляции функционирования генных сетей. Имея эту базу данных, пользователь может получать графические схемы генных сетей на основе их формализованного описания, проводить сравнительный анализ их функционирования у различных организмов, в разных органах, тканях и типах клеток. Кроме того, используя данные из базы Генные Сети, пользователь имеет возможность моделировать направленное воздействие некоторых веществ (лекарств, химических реагентов и т.д.) на различные физиологические функции организма. Информация, представленная в базе данных, может помочь в планировании экспериментальных исследований генных сетей, а также может использоваться для обучения студентов высших учебных заведений биологических специальностей.
Инструментальные средства создания - Java

Разработанная база данных предназначена для использования в области молекулярной биологии, генетики, генной инженерии, математической биологии и других областях, связанных с исслеодованием функционирования генома эукариот. Имея эту базу данных, можно проводить сравнительный анализ регуляторных районов как гомологичных, так и негомологичных генов различных организмов; делать выборки функциональных сайтов определенных типов для анализов компьютерными методами. Кроме того, используя информацию, имеющуюся в базе данных, пользователь может получить графическую карту нужного гена. Информация, представленная в базе данных, может помочь в планировании экспериментальных исследований конкретного гена.
Инструментальные средства создания - FoxPro