Программа распознавания функциональных сайтов в пространственных структурах белков (ПДБСАЙТСКАН)/Program for search of functional sites in the spatial structures of proteins (PDBSiteScan) предназначена для функциональной аннотации белковых молекул, реконструкции сетей белок-белковых и белок-лиганд взаимодействий. Программа может быть использована в области молекулярной биологии, медицины и биотехнологии, а также других областях, связанных с изучением функционального строения белков и молекулярно-генетических систем. Программа позволяет распознавать функциональные сайты в пространственных структурах белков, включая: сайты каталитических центров ферментов, сайты пострансляционных модификаций белков, сайты связывания ионов металлов, сайты связывания органических и неорганических лигандов, сайты связывания ДНК и РНК. Программа обеспечивает выявление функционально важных свойств структуры белков, необходимых для решения задач идентификации функции белков, поиска мишеней для лекарственных препаратов и целенаправленного конструирования белков с улучшенными медико-биологическими свойствами.

Программа реализует графический пользовательский интерфейс для взаимодействия с базой данных ассоциативных сетей.

Программа позволяет реконструировать ассоциативные сети по запросу пользователя, производит раскладку на плоскости и визуализирует построенные сети.
В программе реализованы алгоритмы для анализа ассоциативных сетей. Программа позволяет производить поиск замкнутых циклов и наикратчайших путей между двумя объектами в ассоциативной сети, а также строить множество фундаментальных циклов.

Программа может быть использована в области молекулярной биологии, медицины и биотехнологии, а также других областях, связанных с изучением молекулярно-генетических систем.

База данных ассоциативных сетей (ЭНДЦелл)/Associative network database (ANDCell) предназначена для реконструкции ассоциативных сетей, описывающих молекулярно-генетические взаимодействия в клетке, а также ассоциативные связи генов с заболеваниями. База данных может быть использована в области молекулярной биологии, медицины и биотехнологии, а также других областях, связанных с изучением молекулярно-генетических систем.
База данных содержит информацию, автоматически извлеченную из текстов рефератов базы данных Pubmed методами Text-Mining, о молекулярно-биологических взаимодействиях между генами, белками, микроРНК, метаболитами, молекулярные процессами, клеточными компонентами. В базе данных представлены взаимодействия следующих типов:
1)физические взаимодействия между белками, белками и низкомолекулярными соединениями, белками и генами;
2)ассоциативные связи между белками, генами, низкомолекулярными соединениями и заболеваниями;
3)каталитические реакции;
4)регуляция:
стабильности белка, посредством пострансляционных модификаций;
активности белка, посредством пострансляционных модификаций;
экспрессии гена;
клеточных процессов.

Функциональные возможности - Расчет нелинейных упругопластических деформаций изотропного твердого тела в простой геометрической постановке (прямоугольная область). Двухмерные задачи. Возможность задавать следующие граничные условия: свободная граница, скорость границы, напряжения на границе, комбинации всех этих условий. Возможности программы такие же как у однопроцессорной версии Plast2D 1.0.

Назначение - моделирование конечных упругопластических деформаций твердого тела на многопроцессорных компьютерах.

Область применения - деформации металлов, резиноподобные материалы, геодинамика.

Используемый алгоритм - алгоритм основан на конечно-объемной схеме Годунова с приближенным решением задачи о распаде произвольного разрыва и приведение системы уравнений к симметрическому гиперболическому виду [1], [2].

Инструментальные средства создания - Fortran 90.

[1] Годунов С.К., Пешков И.М. "Симметрические гиперболические уравнения нелинейной теории упругости" // Журн. вычислит. математики и мат. физики. 2008. Т. 48, № 6, C. 1034-1055.
[2] Пешков И.М. "Численное моделирование разрывных решений в нелинейной теории упругости" // Журнал прикладной механики и технической физики. 2009. Т. 5, C. 152-161.