На сайте РАСПО опубликован глоссарий СПО

2010-04-18

Глоссарий разработан специалистами ООО «Парк Медиа Консалтинг», ООО «КОРУС Консалтинг» и ЗАО «Мезон.Ру» (ГНУ/Линуксцентр) в рамках выполнения проектов по государственным контрактам в 2008 году, заказчиком которых выступило ФАИТ РФ.

«Единая Россия» поддержала создание российской Linux

2010-03-18

Председатель Госдумы и глава «Единой России» Борис Грызлов поддер­жал идею создания российской операционной системы на базе программного обеспечения с открытым кодом (СПО). Участники рынка уже подсчитали, что на ее разработку потребуется до 5 млрд руб.

В пятницу на заседании совета по науке, наукоемким технологиям и инновационной деятельности при Госдуме Борис Грызлов решил поддержать разработку и внедрение системы на базе программного обеспечения, базирующейся на программном обеспечении с открытым кодом. Курировать программу предложено Минкомсвязи, Минэкономразвития и Минфину.

Матрицы функциональных сайтов связывания транскрипционных факторов про- и эукариот (RealSite)

Тип разработки: 
База данных
Регистрационный номер в ФАП: 
DB10008
Дата регистрации в ФАП: 
2010-04-19
Тематическая направленность: 
молекулярная биология, биоинформатика
Аннотация: 

База данных RealSite предназначена для накопления информации по структуре функциональных сайтов связывания транскрипционных факторов (ССТФ) у про- и эукариот. База основана на описании структуры ССТФ с помощью частотных матриц, которые построены в результате выравнивания представительных выборок нуклеотидных последовательностей ССТФ. В базе данных RealSite выборки ССТФ созданы на основе только тех последовательностей ДНК, функциональность которых в структуре промотора подтверждена экспериментально. База RealSite служит основой для решения ряда актуальных задач биоинформатики и представляет интерес для исследователей, занимающихся распознаванием сайтов связывания ТФ, изучением механизмов транскрипции и реконструкцией генных сетей.
СУБД: Sequence Retrieval System (SRS)

Использованные при разработке материалы: 
Использовались материалы баз TRRD (Авт. свид. РФ №980064), ProkaTEX (Авт. свид. РФ № 2006620257) и GenSensor (Авт. свид. РФ №200660197), правообладателем которых является Институт цитологии и генетики СО РАН.
Регистрационный номер в Роспатенте: 
№2009620500
Признак доступности программы (базы данных): 
доступ по запросу
Требования к аппаратным и программным средствам: 

Тип реализующей ЭВМ: IBM PC Pentium – Pentium IV, архитектура i386
Операционная система: UNIX, Linux
Формат: text MS-DOS, flat-file

Контактная информация: 
tamara@bionet.nsc.ru

Подколодная Ольга Александровна

E-mail: 
opodkolatbionet [dot] nsc [dot] ru

Ананько Елена Анатольевна

E-mail: 
eanankoatbionet [dot] nsc [dot] ru

Игнатьева Елена Васильевна

E-mail: 
eignatatbionet [dot] nsc [dot] ru

Матрицы сайтов связывания транскрипционных факторов (ArtSite)

Тип разработки: 
База данных
Регистрационный номер в ФАП: 
DB10007
Дата регистрации в ФАП: 
2010-04-19
Тематическая направленность: 
молекулярная биология, биоинформатика
Разработчики программы (базы данных): 
Аннотация: 

База данных ArtSite предназначена для аннотации экспериментальной информации по структуре сайтов связывания транскрипционных факторов (ТФ) у про- и эукариот. База основана на описании структуры сайтов связывания ТФ с помощью частотных матриц, которые построены в результате выравнивания представительных выборок нуклеотидных последовательностей сайтов связывания ТФ. Выборки сайтов созданы на основе in vitro синтезированных последовательностей, выявленных с помощью различных методов селекции, и описанных в научных статьях, опубликованных в открытой печати. База представляет интерес для всех исследователей, занимающихся изучением механизмов регуляции экспрессии генов как у про-, так и у эукариот и может быть использована для распознавания сайтов связывания ТФ при исследовании геномов различных видов организмов.
Язык программирования: Icarus
СУБД: Sequence Retrieval System (SRS)

Использованные при разработке материалы: 
не использовались
Регистрационный номер в Роспатенте: 
№2006620167
Признак доступности программы (базы данных): 
доступ по запросу
Требования к аппаратным и программным средствам: 

Тип реализующей ЭВМ: IBM PC Pentium – Pentium IV, архитектура i386
Операционная система: UNIX, Linux;
формат: text MS-DOS, flat file

Контактная информация: 
tamara@bionet.nsc.ru

Геносенсорные конструкции (ConSensor)

Тип разработки: 
База данных
Регистрационный номер в ФАП: 
DB10006
Дата регистрации в ФАП: 
2010-04-19
Тематическая направленность: 
молекулярная биология, биоинформатика
Аннотация: 

База данных ConSensor предназначена для накопления информации о существующих в научной литературе геносенсорных разработках и содержит данные о структуре и эффективности этих конструкций.
База ConSensor может быть использована для поиска геносенсоров, чувствующих присутствие в среде различных токсических для клетки веществ и представляет интерес для исследователей, занимающихся разработкой и созданием новых, высокоэффективных и чувствительных методов мониторинга чистоты воды, воздуха, пищевых продуктов, а также контроля генотоксичности и/или мутагенности лекарственных препаратов, биологически активных добавок, бытовой химии и т.д. Источником информации для базы является аннотация научных статей, опубликованных в открытой печати.
Язык программирования: Icarus,
СУБД: Sequence Retrieval System (SRS),
Структура и формат базы описан в: Khlebodarova T.M., Tikunova N.V., Kachko A.V., Stepanenko I.L., Podkolodny N.L., Kolchanov N.A. Application of bioinformatics resources for genosensor design. // J. Bioinform. Comput. Biol. 2007. V. 5. P. 507-520.

Использованные при разработке материалы: 
не использовались
Регистрационный номер в Роспатенте: 
№2007620168
Признак доступности программы (базы данных): 
полностью свободный доступ
Требования к аппаратным и программным средствам: 

Тип реализующей ЭВМ: IBM PC Pentium – Pentium IV, архитектура i386
Операционная система: UNIX, Linux.
text MS-DOS, flat file

Контактная информация: 
http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/gensensor/index.html

Гены-сенсоры (GenSensor)

Тип разработки: 
База данных
Регистрационный номер в ФАП: 
DB10004
Дата регистрации в ФАП: 
2010-04-19
Тематическая направленность: 
молекулярная биология, биоинформатика
Аннотация: 

База данных GenSensor предназначена для накопления информации, необходимой для создания геносенсорных конструкций на основе бактериальных генов и содержит данные о структуре бактериальных промоторов, экспрессия которых активируется в ответ на определенное внешнее воздействие, механизмах индукции, а также условий, при которых наблюдается максимальный ответ на данный тип воздействия.
База может быть использована для поиска генов, чувствующих присутствие в среде различных токсических для клетки веществ, и представляет интерес для исследователей, занимающихся разработкой и созданием новых, высокоэффективных и чувствительных методов, которые бы в отсутствие знаний о природе токсического для клетки вещества, выявляли его присутствие в биологических средах.
Источником информации для базы является аннотация научных статей, опубликованных в открытой печати.
Язык программирования: Icarus,
СУБД: Sequence Retrieval System (SRS),
Операционная система: UNIX, Linux.
Структура и формат базы описаны в: Khlebodarova T.M., Tikunova N.V., Kachko A.V., Stepanenko I.L., Podkolodny N.L., Kolchanov N.A. Application of bioinformatics resources for genosensor design. // J. Bioinform. Comput. Biol. 2007. V. 5. P. 507-520.

Использованные при разработке материалы: 
не использовались
Регистрационный номер в Роспатенте: 
№2006620197
Признак доступности программы (базы данных): 
полностью свободный доступ
Требования к аппаратным и программным средствам: 

Тип реализующей ЭВМ: IBM PC Pentium – Pentium IV, архитектура i386

Контактная информация: 
http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/gensensor/index.html

Степаненко Ирина Лембитовна

E-mail: 
stepanatbionet [dot] nsc [dot] ru
Ленты новостей