Один из лучших алгоритмов реализующих метод одновременного восстановления структуры РНК и её выравнивания с РНК-гомологами. Dowell RD, Eddy SR. Efficient pairwise RNA structure prediction and alignment using sequence alignment constraints. BMC Bioinformatics. 2006 7:400.

Самый точный на 2008-2009гг алгоритм множественного выравнивания некодирующих РНК, основанный на предсказании вторичной структуры РНК. Наибольшая точность выравнивания оцененная на основе базы данных BRAliBase, содержащей множественные выравнивания РНК сделанные вручную, достигается при комбинировании R-COFFEE с Consan. Wilm A, Higgins DG, Notredame C. R-Coffee: a method for multiple alignment of non-coding RNA. Nucleic Acids Res. 2008 36:e52.

Самый быстрый на 2008-2009гг алгоритм множественного выравнивания, основанный подходе сравнения аппроксимированных (частично несходных) строк и прогрессивном выравнивании. Lassmann T, Sonnhammer EL.Kalign--an accurate and fast multiple sequence alignment algorithm. BMC Bioinformatics. 2005 6:298.

Единственный алгоритм множественного выравнивания основанный на оценке вероятности эволюционного преобразования последовательностей на основе парной скрытой марковской модели. Используется алгоритмы итеративного улучшения выравнивания, прогрессивного выравнивание на основе дерева построенного по оценкам ожидаемой точности парных выравниваний последовательностей. Edgar RC. MUSCLE: a multiple sequence alignment method with reduced time and space complexity. BMC Bioinformatics. 2004 5:113.

Лучший на 2005-2006гг. алгоритм множественного выравнивания последовательностей. Для ускорения процедуры множественного выравнивания используется алгоритм быстрого Фурье-преобразования идентифицирующий гомологичные участки последовательностей. Используются алгоритмы итеративного улучшения выравнивания, парного выравнивания, прогрессивного выравнивание на основе улучшенного дерева. Katoh K, Toh H. Recent developments in the MAFFT multiple sequence alignment program. Brief Bioinform. 2008 9:286-298.

Лучший на 2008-2009гг. алгоритм множественного выравнивания последовательностей белков. При выравнивании используются данные о третичной и вторичной структуре белков. Тестирование работы алгоритма осуществлялась на базе данных PREFAB. База данных PREFAB содержит множественные выравнивания белков, сделанные на основе структурных выравниваний трехмерных структур белков без учета данных о идентичности их первичных последовательностей. Pei J, Kim BH, Grishin NV. PROMALS3D: a tool for multiple protein sequence and structure alignments. Nucleic Acids Res. 2008 36:2295-2300.