Является инструментом для моделирования и изучения клеточных автоматов в 3D-пространство. Приложение использует OpenGL и является достаточно быстрым, что создает правильное мнение о том, чтобы клеточные автоматы рассматривать как один из методов исследования искусственной жизни.

Представляет собой пакет Mathematica, предназначенного для биологического моделирования с помощью автоматизированного преобразования химических реакций в ОДУ и их последующее решения с помощью численного интегрирования.

Объединяет среду для моделирования и PDE Solver. В основном используются для моделирования клеточных структур (пены, биологические ткани и т.д.), однако, предпринимаются усилия, чтобы включить возможности моделирования жидкостей. Является программным продуктом с открытым исходным кодом.

Bio++ Program Suite 0.4.0 - интенсивно развивающийся пакет филогенетического анализа с помощью дистанционных методов и метода максимального правдоподобия. Включает в себя алгоритмы реконструкции деревьев методами U/W PGMA, Neighbor Joining, BioNJ на основе матриц расстояний вычисленных методом максимального правдоподобия, методом максимальной парсимонии, реконструкции предковых последовательностей. Dutheil J, Boussau B. Non-homogeneous models of sequence evolution in the Bio++ suite of libraries and programs. BMC Evol Biol. 2008 8:255.

RAxML - это алгоритм филогенетического анализа с помощью метода максимального правдоподобия. Единственный в мире качественно распараллеленный алгоритм филогенетического анализа генов и белков (множество моделей) с помощью метода максимального правдоподобия. Stamatakis A. RAxML-VI-HPC: maximum likelihood-based phylogenetic analyses with thousands of taxa and mixed models. Bioinformatics. 2006 22:2688-2690.

Алгоритм, реализующий уникальный метод сборки филогенетического дерева с использованием информации о правдоподобии квартетов. TREE-PUZZLE также реализует методы тестирования филогении. Schmidt HA, Strimmer K, Vingron M, von Haeseler A. TREE-PUZZLE: maximum likelihood phylogenetic analysis using quartets and parallel computing. Bioinformatics. 2002 18:502-504. Strimmer K, von Haeseler A. Quartet puzzling: A quartet maximum likelihood method for reconstructing tree topologies. Mol Biol Evol. 1996 13: 964-969. Strimmer K, von Haeseler A. Likelihood-mapping: A simple method to visualize phylogenetic content of a sequence alignment. Proc Natl Acad Sci USA. 1997 94:6815-6819

MrBayes – это набор алгоритмов филогенетического анализа и реконструкции предковых последовательностей с помощью байесовского метода. Единственный в мире качественно распараллеленный алгоритм филогенетического анализа с помощью байесовского метода. MrBayes специально создан для анализа разнородных данных, в анализ могут быть включены качественные и молекулярные (количественные) данные, аминокислотные и нуклеотидные последовательности (множество моделей), митохондриальные и ядерные гены одновременно. Поиск оптимального решения идет с помощью связанных марковских цепей Монте Карло. Huelsenbeck JP, Ronquist F. MRBAYES: Bayesian inference of phylogenetic trees. Bioinformatics. 2001 17:754-755. Ronquist F, Huelsenbeck JP. MrBayes 3: Bayesian phylogenetic inference under mixed models. Bioinformatics. 2003 19:1572-1574. Altekar G, Dwarkadas S, Huelsenbeck JP, Ronquist F. Parallel Metropolis coupled Markov chain Monte Carlo for Bayesian phylogenetic inference. Bioinformatics. 2004 20:407-415.

PhyML - это набор различных алгоритмов (модификаций базового алгоритма) филогенетического анализа генов и белков (множество моделей) с помощью метода максимального правдоподобия. PhyML - это лучший на 2009г. базовый алгоритм филогенетического анализа с помощью метода максимального правдоподобия который заключается в оптимизации параметров с использованием числового метода “золотое сечение” и многократном улучшении дерева (изменении ветвления). Guindon S, Gascuel O. A simple, fast, and accurate algorithm to estimate large phylogenies by maximum likelihood. Syst Biol. 2003. 52:696-704. Anisimova M., Gascuel O. Approximate Likelihood-Ratio Test for Branches: A Fast, Accurate, and Powerful Alternative. Syst Biol. 2006. 55:539-552. Hordijk W, Gascuel O. Improving the efficiency of SPR moves in phylogenetic tree search methods based on maximum likelihood. Bioinformatics 2005. 21:4338-4347. Quang LS, Gascuel O, Lartillot N. Empirical profile mixture models for phylogenetic reconstruction. Bioinformatics 2008. 24:2317-2323. Quang LS, Lartillot N, Gascuel O. Phylogenetic Mixture Models for Proteins. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 2008. 363:3965-3976. Boussau B, Gouy M. Efficient likelihood computations with nonreversible models of evolution. Syst Biol. 2006 55:756-768. Bevan RB, Lang BF, Bryant D. Calculating the evolutionary rates of different genes: a fast, accurate estimator with applications to maximum likelihood phylogenetic analysis. Syst Biol. 2005 54:900-915.

Один из лучших на 2008-2009гг. алгоритм множественного выравнивания протяженных геномных последовательностей. Алгоритм включает в себя поиск локальных надежно выравниваемых районов, реконструкцию по ним филогении, выделение подмножества локальных выравниваний в качестве якорей – коллинеарных групп, проведение рекурсивного расширения выравниваний от якорных коллинеарных групп. Darling AC, Mau B, Blattner FR, Perna NT. Mauve: multiple alignment of conserved genomic sequence with rearrangements. Genome Res. 2004 14:1394-1403.

Один из лучших алгоритмов реализующих метод одновременного восстановления структуры РНК и её выравнивания с РНК-гомологами. Dowell RD, Eddy SR. Efficient pairwise RNA structure prediction and alignment using sequence alignment constraints. BMC Bioinformatics. 2006 7:400.